啟動子預(yù)測是如何實現(xiàn)的？

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對一段基因,如何預(yù)測它的啟動子啊?

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5條回答

唐爽

2021-06-22 15:07

關(guān)于啟動子預(yù)測，目前研究的并不是很好，如果做的深的話，可以寫一篇博士論文了。

基于啟動子區(qū)域的性質(zhì)不同于其他功能區(qū)域的性質(zhì)這一事實，現(xiàn)有的啟動子區(qū)域識別算法基本上可分為3類：
1.基于信號的預(yù)測方法：基于信號的預(yù)測方法，單純地使用已知的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點序列模式進(jìn)行啟動子預(yù)測，存在很高的假陽性率。
2.基于內(nèi)容的預(yù)測方法：基于內(nèi)容的預(yù)測方法的原理是，在DNA的調(diào)控區(qū)和非調(diào)控區(qū)之間局部的堿基和詞組是不同的。
3.基于CpG島的預(yù)測方法：基于CpG島的預(yù)測方法是根據(jù)大部分的人類基因啟動子都和CpG島有關(guān)。
但須知道并不是所有的人類基因啟動子都與CpG島有關(guān)，如果單純依靠CpG島來進(jìn)行預(yù)測的話，其正確率不會超過60%。

真核啟動子預(yù)測仍舊是序列分析中最重要的問題之一。盡管已經(jīng)提出了大量的算法，但仍舊需要進(jìn)一步改進(jìn)。有人提出了一個新的啟動子預(yù)測方法：基于DNA的雙鏈特征，將4種核苷酸A、T、C、G看成兩種,即認(rèn)為在基因序列中A和T相同，G和C相同。然后仍用boosting方法，構(gòu)造分類器對長基因序列的啟動子進(jìn)行預(yù)測。試驗結(jié)果表明,該方法的性能要好于PromoterInspector，DragonPromoterFinder(DPF)，Eponine，F(xiàn)irstEF及PPFB的性能。

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啦啦啦555ABC

2021-06-22 15:21

http://www.epd.isb-sib.ch/ 真核生物的啟動子網(wǎng)站
如果沒有你想要的，就的自己調(diào)。
對于某些基因，可以根據(jù)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫其他物種該基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行啟動子區(qū)的同源擴增，能否成功取決于該基因調(diào)控區(qū)在物種間的的保守性。
構(gòu)建一個基因組文庫，用cDNA序列信息設(shè)計探針釣取陽性克隆后測序，經(jīng)軟件分析。
其他特殊PCR技術(shù)也可以實現(xiàn)啟動子區(qū)的克隆。
所有方法，最后都必須用體外轉(zhuǎn)錄實驗予以確認(rèn)。
希望對你有幫助！

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妙齡少女

2021-06-22 15:22

這個有很多網(wǎng)站軟件可以預(yù)測的：http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
啟動子分為細(xì)菌和真核生物的。
可以在線分析啟動子和終止子。

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liu

2021-06-22 15:32

啟動子及轉(zhuǎn)錄單位預(yù)測對于了解基因間的功能及相互間的調(diào)節(jié)關(guān)系具有重要的作用，這方面的研究一直是生物信息學(xué)的一個重要方向，但預(yù)測的淮確率一直都很有限。

本文建立了在轉(zhuǎn)錄單位預(yù)測基礎(chǔ)上進(jìn)行原核生物啟動子預(yù)測的新方法，首先根據(jù)基因間距離、功能關(guān)系及多基因比對結(jié)果來進(jìn)行轉(zhuǎn)錄單位預(yù)測，得到了比較理想的結(jié)果，而且對于研究得比較透和研究得較少的基因組都適用。其后在轉(zhuǎn)錄單位預(yù)測結(jié)果基礎(chǔ)上進(jìn)行啟動子預(yù)測則采用了隱Markov鏈模型，并在Markov鏈中考慮狀態(tài)駐留時間。結(jié)果顯示，該方法能有效地預(yù)測出啟動子序列及其位置，準(zhǔn)確率達(dá)到70％以上。
文獻(xiàn)閱讀：預(yù)測轉(zhuǎn)錄單位基礎(chǔ)上的原核生物啟動子預(yù)測

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abbychou

2021-06-22 15:33

作為基因啟動子DNA的序列是具有特征性結(jié)構(gòu)的，可以看看啟動子里面特有的核糖體結(jié)合位點，TATAbox 等結(jié)構(gòu)，然后從得到的結(jié)果中選擇，還有根據(jù)基因起始密碼子的位置上推看看。在確定編碼基因的起始密碼子之后，指導(dǎo)基因表達(dá)的啟動子序列一般位于其上游基因序列300-3 000 nt之間，鮮有例外。

啟動子分為細(xì)菌和真核生物的，可以在線分析啟動子。常用啟動子預(yù)測的分析網(wǎng)址有：
http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
推薦使用plantcare和place，都挺不錯。希望能幫到你。

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