2011年,麻省理工學(xué)院的Nutiu等研究人員利用新一代測(cè)序儀定量測(cè)定DNA-蛋白質(zhì)結(jié)合親和力,提出了研究轉(zhuǎn)錄因子DNA結(jié)合譜的新技術(shù)——HiTS-FLIP。該技術(shù)的主要原理及實(shí)驗(yàn)流程見(jiàn)圖8所示。在該研究中,用HiTS-FLIP技術(shù)研究了酵母轉(zhuǎn)錄激活因子Gcn4與DNA的結(jié)合,該蛋白是酵母氨基酸饑餓應(yīng)答的主要調(diào)控者。首先,制備了一個(gè)隨機(jī)25聚體的DNA文庫(kù),將其放入Illumina Solexa測(cè)序儀中,完成測(cè)序。之后變性,剝離測(cè)序延伸鏈,利用新的引物和Klenow酶合成新鏈。再加入與單體(m)OrBurge結(jié)合的GCN4蛋白,并對(duì)蛋白結(jié)合進(jìn)行熒光成像。最后,在測(cè)序圖像上疊加蛋白結(jié)合圖像,判定蛋白對(duì)各種序列的結(jié)合親和性。
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