生物信息分析的軟件開(kāi)發(fā)是中國(guó)的強(qiáng)項(xiàng)嗎？過(guò)去有哪些牛X的軟件和開(kāi)發(fā)者嗎？

皮皮皮皮得很 2021-08-17 03:18

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  咕唧呱唧

  2021-08-17 03:40
  
  首先，贊你的用戶名。。。
  
  早起著名的短序列比對(duì)軟件，說(shuō)來(lái)很神奇，多數(shù)都是中國(guó)人寫(xiě)的，而且?guī)缀鹾腿A大人（華大人，不一定是華大）脫不了干系
  
  最早的SOAP，大家都知道的啦，華大為了炎黃寫(xiě)的，lirq+liyr組合。此外，組裝軟件SOAPdenovo也曾在熊貓基因組發(fā)布后風(fēng)靡一時(shí)
  
  <!-- 注釋掉的內(nèi)容請(qǐng)忽略 #### 2008年，年輕的李瑞強(qiáng)和李英睿——如今的兩個(gè)霸道總裁——一起開(kāi)發(fā)了享譽(yù)世界的事物——“肥皂” -->
  
  MAQ和后來(lái)的BWA，lh3佳作，引用率突破天際，好評(píng)率突破天際，都是liheng從bgi去了sanger后完成的
  
  Subread貌似也是中國(guó)人寫(xiě)的
  
  另外香港大學(xué)（其實(shí)也和華大人脫不了干系）計(jì)算機(jī)系在短序列比對(duì)和組裝軟件開(kāi)發(fā)上也是很厲害的，比如SOAP3（聽(tīng)名字也知道）以及組裝軟件IDBA什么的
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  ty_130756245

  2021-08-17 03:48
  
  是華人的強(qiáng)項(xiàng)，不一定是中國(guó)的強(qiáng)項(xiàng)。但是相對(duì)其它技術(shù)來(lái)說(shuō)，在特定領(lǐng)域的比較優(yōu)勢(shì)要大一些。
  和這個(gè)行業(yè)的人才來(lái)源有關(guān)，你看一下生物信息學(xué)的會(huì)，即使在北美，基本上你以為在中國(guó)開(kāi)。生物信息學(xué)的收入不如金融經(jīng)濟(jì)學(xué)科，其它族裔的這方面潛在人才不見(jiàn)得真正工作在這領(lǐng)域。我們國(guó)家制造業(yè)基礎(chǔ)薄弱，有時(shí)候conceptually能夠想到，但是實(shí)現(xiàn)起來(lái)困難；所以相對(duì)在對(duì)實(shí)現(xiàn)平臺(tái)要求不高，理論性較強(qiáng)的領(lǐng)域就更容易出彩。優(yōu)秀的生物信息軟件是用項(xiàng)目和數(shù)據(jù)喂出來(lái)的。在數(shù)據(jù)產(chǎn)出上，中國(guó)的基因組學(xué)和國(guó)外的差距相對(duì)大部分領(lǐng)域要小，增加了影響力。
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  我想對(duì)你說(shuō)2014

  2021-08-17 03:49
  
  K2說(shuō)的沒(méi)錯(cuò)alignment和variant calling啥的，華大人貢獻(xiàn)很大，中國(guó)牛X的人很多。
  
  但是有個(gè)前提是，“生物信息軟件”的范圍太廣太廣了：基因組，蛋白組，生物物理，3D模擬，藥物反應(yīng) 。。。 我們其實(shí)就這個(gè)范圍來(lái)討論的話，中國(guó)不能說(shuō)是世界領(lǐng)先的。
  
  十分同意@liyr 的觀點(diǎn)，很多軟件是項(xiàng)目和數(shù)據(jù)喂出來(lái)的，華大人參與和提供了了很多測(cè)序的項(xiàng)目和工作，才有了很多著名的分析軟件和牛逼的人。所以中國(guó)在生物信息上應(yīng)該會(huì)繼續(xù)人才輩出的，因?yàn)楦杏X(jué)不論是政府還是國(guó)內(nèi)的研發(fā)環(huán)境真的是越來(lái)越好了，基本世界領(lǐng)先水平了，才會(huì)出現(xiàn)更多世界級(jí)的生物信息軟件。
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  小小_994

  2021-08-17 03:52
  
  同意liyr的觀點(diǎn)，多帶帶看生物信息軟件和工具開(kāi)發(fā)華人是很強(qiáng)，但確實(shí)不是中國(guó)強(qiáng)：
  
  １，從數(shù)據(jù)來(lái)源的測(cè)序儀產(chǎn)業(yè)，我們只能買，原初的技術(shù)還很不成熟；
  ２，從軟件的計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，操作系統(tǒng)、編程語(yǔ)言、開(kāi)發(fā)工具等，我們都是追國(guó)外成熟的技術(shù)，自主研發(fā)并引領(lǐng)世界技術(shù)前沿的基礎(chǔ)技術(shù)很少，大多數(shù)的成功的華人開(kāi)發(fā)的應(yīng)用軟件也是在國(guó)外的環(huán)境中才推廣開(kāi)的；
  ３，從軟件的服務(wù)對(duì)象，藥物研發(fā)、生物基礎(chǔ)研究等與國(guó)際上有很大差距。中國(guó)的基因分子檢測(cè)能為老百姓服務(wù)，但由于醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)和基礎(chǔ)研究的薄弱，又能多大程度給他們帶來(lái)實(shí)質(zhì)性的好處呢？
  
  從數(shù)據(jù)輸入到分析結(jié)果輸出，從基礎(chǔ)到上層，我們的生物信息軟件開(kāi)發(fā)是懸在中間的一枝獨(dú)秀，這是華人的驕傲；但這樣為別人做嫁衣裳，也是中國(guó)的悲哀。
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  永遠(yuǎn)愛(ài)你冰塘

  2021-08-17 03:55
  
  多了去了，bsmap的作者也算華大系吧
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  17173玩家_1630060

  2021-08-17 04:02
  
  @elemenTY @liyr 等人都有很大的貢獻(xiàn)啊，ggbio和SOAP系列
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