是以二代或二代以上的家系材料為基礎(chǔ)，觀察標(biāo)記位點(diǎn)與疾病致病基因位點(diǎn)在家系內(nèi)是否呈共分離，并計(jì)算出遺傳距離及連鎖程度。目前最常用的方法是優(yōu)勢(shì)對(duì)數(shù)計(jì)分（Lods）法，Lod值代表兩位點(diǎn)連鎖的機(jī)率與不呈連鎖的機(jī)率比的對(duì)數(shù)值，>3肯定連鎖，<－2否定連鎖，介于1與－2之間則需增加家系材料。該法優(yōu)點(diǎn)在于對(duì)連鎖的判斷能力強(qiáng)，能確定連鎖程度，適于呈孟德爾遺傳、外顯率高、純一的單基因突變病分析，如糖尿病中的一種亞型MODY及少數(shù)呈多代多發(fā)患者的IDDM及NIDDM家系。缺點(diǎn)是需要完整的系譜材料，結(jié)果受遺傳模型設(shè)定的影響，對(duì)遺傳參數(shù)如基因頻率、基因傳遞率、外顯率及表型模擬率等依賴較大，故對(duì)一些復(fù)雜多基因疾病進(jìn)行家系連鎖分析很難獲得滿意結(jié)果。
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