基因檢測可用于檢測抗生素耐藥性，如 PCR、PCR-RFLP 分析、PCR-S SCP 分析、PCR-SSP、基因芯片分析、DNA 序列測定等。 與常規(guī)方法相比， 基因檢測方法檢測抗生素耐藥基因有下述優(yōu)點： 有些細菌不能或不易 培養(yǎng)， 只能檢測其基因型； 能快速鑒定慢生長細菌的耐藥性， 能早期指導臨床醫(yī)生治療用藥； 有助于判定 MIC 位于折點或折點附近的細菌藥敏試驗結果； 在細菌耐藥性的流行病學追蹤調 研中，基因檢測比抗生素藥敏方法準確。
目前，DNA 序列測定技術已在 MTB 耐藥基因研究中得到廣泛應用。并已用于 rpoB、inh A、katG、rpsL 和 gyrA 基因突變檢測。 盡管 DNA 序列測定能夠準確測定突變的部位與性質， 但對每一株菌株來說， 要測定各種 抗結核藥物所有已知的突變部位需多次反應，同時費用昂貴，因此其應用受到一定限制。
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