當(dāng)前,lncRNA研究正處于起步階段,因此面臨著許多亟待解決的問(wèn)題：(1)lncRNA的定義仍存在爭(zhēng)議。一般認(rèn)為,lncRNA是長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸的非編碼RNA。但是,Spizzo等認(rèn)為,以200個(gè)核苷酸作為界定lncRNA過(guò)于武斷,因?yàn)樾∮?00個(gè)核苷酸的非編碼RNA中還存在很多非編碼RNA,它們既不屬于小RNA也不屬于結(jié)構(gòu)RNA。(2)lncRNA生物學(xué)功能的闡明并非易事。一方面,如何區(qū)分功能性和非功能性非編碼轉(zhuǎn)錄物依然存在困難,另一方面,由于lncRNA種類(lèi)和功能的多樣性,致使不同的lncRNA研究結(jié)果之間的借鑒意義并不高。(3)尚無(wú)統(tǒng)一的命名原則。目前l(fā)ncRNA還沒(méi)有一個(gè)規(guī)范的命名方法,只是研究者根據(jù)其功能、結(jié)構(gòu)特點(diǎn)、作用方式等進(jìn)行命名,有時(shí)很難從名稱中了解其真正含義和功能。(4)lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)不夠全。相對(duì)于其他非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù),lncRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的內(nèi)容還不夠全,對(duì)lncRNA的注釋遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠豐富。(5)lncRNA功能預(yù)測(cè)的工具不多。針對(duì)lncRNA的生物信息學(xué)工具仍然極少,例如,目前難以對(duì)lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和靶標(biāo)等進(jìn)行有效地預(yù)測(cè)。(6)研究領(lǐng)域有待拓展。目前,有關(guān)lncRNA的研究主要集中于腫瘤、神經(jīng)、發(fā)育、植物等領(lǐng)域,在其他領(lǐng)域和對(duì)其他疾病的研究依然欠缺。(7)用于lncRNA研究的新技術(shù)并不多。因此,需要建立更多、更有效的研究方法用于系統(tǒng)地研究lncRNA的結(jié)構(gòu)和功能。
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