基因疫苗的安全性是人們關(guān)心的重要問題。在理論上存在導(dǎo)入的外源DNA整合入宿主細(xì)胞基因組的可能,并導(dǎo)致細(xì)胞癌基因的順式或反式激活、抗癌基因的失活等,使細(xì)胞發(fā)生惡性轉(zhuǎn)化。但通過(guò)甲基化分析、酶切分析和PCR等技術(shù)的研究結(jié)果表明,進(jìn)入骨骼肌細(xì)胞的DNA分子獨(dú)立存在于細(xì)胞質(zhì)中,未發(fā)現(xiàn)復(fù)制或整合。另一問題是有可能引起抗-DNA抗體和自身免疫性疾病。但Robertson最近研究表明,裸露的雙鏈DNA分子很難引起抗-DNA抗體反應(yīng)。然而,正如Spier(1995年)指出的那樣,我們對(duì)基因免疫的機(jī)制還遠(yuǎn)未了解,其安全性有待進(jìn)一步驗(yàn)證,今后的道路還很長(zhǎng)。