當前,lncRNA研究正處于起步階段,因此面臨著許多亟待解決的問題：(1)lncRNA的定義仍存在爭議。一般認為,lncRNA是長度大于200個核苷酸的非編碼RNA。但是,Spizzo等認為,以200個核苷酸作為界定lncRNA過于武斷,因為小于200個核苷酸的非編碼RNA中還存在很多非編碼RNA,它們既不屬于小RNA也不屬于結構RNA。(2)lncRNA生物學功能的闡明并非易事。一方面,如何區(qū)分功能性和非功能性非編碼轉錄物依然存在困難,另一方面,由于lncRNA種類和功能的多樣性,致使不同的lncRNA研究結果之間的借鑒意義并不高。(3)尚無統(tǒng)一的命名原則。目前l(fā)ncRNA還沒有一個規(guī)范的命名方法,只是研究者根據其功能、結構特點、作用方式等進行命名,有時很難從名稱中了解其真正含義和功能。(4)lncRNA數據庫不夠全。相對于其他非編碼RNA數據庫,lncRNA相關數據庫的內容還不夠全,對lncRNA的注釋遠遠不夠豐富。(5)lncRNA功能預測的工具不多。針對lncRNA的生物信息學工具仍然極少,例如,目前難以對lncRNA二級結構和靶標等進行有效地預測。(6)研究領域有待拓展。目前,有關lncRNA的研究主要集中于腫瘤、神經、發(fā)育、植物等領域,在其他領域和對其他疾病的研究依然欠缺。(7)用于lncRNA研究的新技術并不多。因此,需要建立更多、更有效的研究方法用于系統(tǒng)地研究lncRNA的結構和功能。
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